O Hospital São João Baptista dispõe dos serviços de:
- Consulta Aberta
- Posto de Colheita de análises clínicas
- Cardiopneumologia
- Imagiologia
- Medicina Dentária
- Consultas de Especialidade, nomeadamente: Cardiologia/Cirurgia Geral/Cirurgia Plástica/Cirurgia Vascular/Dermatologia/Endocrinologia/Gastroenterologia /Ginecologia e Obstetrícia/Imunoalergologia/Neurocirurgia/Neurologia/Nutrição/Oftalmologia/Ortopedia/Otorrinolaringologia/Pediatria/Pneumologia/Psicologia/Psiquiatria/Reumatologia/Terapia da Fala/Terapia Ocupacional/Urologia
- Serviço de Medicina
- Cirurgia, nomeadamente: Cirurgia Geral/Cirurgia Plástica/ Dermatologia/ Ginecologia/Oftalmologia/Ortopedia/Neurocirurgia/Urologia
- Exames, nomeadamente: Cardiologia/ Gastroenterologia/ Ginecologia/ Imagiologia/ Pneumologia
- Medicina Física e Reabilitação